IAR은 디버깅 툴이라 다운로드 후 당연히 main함수를 실행할 대기를 하게 됩니다. 코드를 실행 하려면 실행 버튼을 누르거나 리셋을 눌러 주어야 하겠지요

자동 실행이 목적이라면 ST에서 제공하는 다운로드 툴을 사용하시는것이 좋으실것 같습니다.

http://www.st.com/en/development-tools/stsw-link004.html