myCortex-STM32F4는 STM32F407VET LQFP100핀이 적용된 모듈보드 입니다.
RMII인터페이스의 이더넷 포트를 제외하고 모든 핀들이 핀헤더로 빠져 있습니다. (자세한 사항은 회로도 참고 하세요)

STM32F407에서 Encoder 모드는 타이머에서 사용할 수 있고 TIM1, TIM2, TIM3, TIM8에서 엔코더 기능을 사용할 수 있습니다.
따라서 최대 4개 까지는 연결 가능할 것 같습니다.

Encoder 관련해서 자세한 사항은 STM32F4 레퍼런스 메뉴얼을 참고 하시면 세세한 핀들을 설정하실 수 있을것 같습니다.